Este agente antifúngico se utiliza en el cultivo de tejidos. Afecta a las membranas celulares de las células de hongos y levaduras y forma canales, provocando la pérdida de cationes de estas células. Junto con la inhibición de una serie de proteínas de membrana, esto provoca la muerte de las levaduras y los hongos que se promueven. La anfotericina B es ineficaz contra virus y bacterias.