Cet antifongique est utilisé dans la culture de tissus. Il affecte les membranes cellulaires des cellules de champignons et de levures et forme des canaux, ce qui provoque la perte de cations de ces cellules. Conjointement avec l'inhibition d'un certain nombre de protéines membranaires, cela a pour effet de favoriser la mort des levures et des champignons. L'amphotéricine B est inefficace sur les virus et les bactéries.